LEADFINDER基于分子对接的虚拟筛选教程,包括:结构准备,能量格点计算,虚拟筛选,方法验证等。

肖高铿 :Lead Finder是一款基于结构虚拟筛选、分子对接软件,本文用演示了如何用lead finder虚拟筛选化合物数据库。http://t.cn/RjjipLc

11月18日 21:54转发|评论

过渡态、反应路径与能垒计算的教程

肖高铿 :GAUSSIAN教程之过渡态搜索。 本文以1,3-丁二烯的顺反构象异构体转化为例详解了:(1)如何用量化计算软件高斯(Gaussian)的TS、QST2、QST3三种方法来搜索过渡态(Transition state)结构;(2)如何确认过渡态结构;(3)如何构建反应路径以及计算反应能垒等。 http://t.cn/Rj8lQQk

11月18日 21:53转发|评论

采用Ligandscout药效团技术发表的科技论文集,包含了基于结构、基于配体的药效团识别,虚拟筛选,蛋白-蛋白相互作用干扰剂发现,靶标识别,靶点选择性解释等等:http://t.cn/RWo7qj0 ​

10月25日 22:17转发|评论

基于分子形状与静电场的骨架跃迁案例

肖高铿 :LSD1是潜在的抗癌比如白血病靶标,但是现有的抑制剂选择并不好,除了LSD1外还作用于hERG而有心脏毒性,因此需要开发新的骨架。本文以现有化合物为起始进行骨架跃迁,发现新的化合物保留了活性降低了心脏毒性。 http://t.cn/RWLA2PZ

10月21日 21:44转发|评论

简单、易用的配体-蛋白相互作用分析、展示

肖高铿 :配体-受体相互作用2D图的绘制: 本教程演示了如何用ligandscout绘制2D相互作用图,并保存为任意大小的图。http://t.cn/ROmitb3

10月17日 00:20转发|评论

Gaussian教程 | 溶剂化自由能的计算 http://t.cn/ROmxOW3 ​

10月17日 00:06转发|评论

Gaussian教程 | pKa预测 : http://t.cn/RO82U2v ​

10月17日 00:04转发|评论

做蛋白-蛋白相互作用干扰剂/抑制剂的看过来,分享3个PPI抑制剂的虚拟筛选案例: http://t.cn/R0vIuYO ​

9月20日 01:55转发|评论

Alexander等人借助自由能计算、能量拆解预测了Hot spot、并用实验确认了其中3个氨基酸残基;以Hot spot为模板,用ROCS对ZINC11进行虚拟筛选,发现了苗头化合物7.18;再通过相似性搜索,发现活性提高的化合物7.44,这是首个RUNX1/ETO四聚体PPI小分子抑制剂。本策略也适于其它PPI抑制剂的发现。阅读原文: ​

9月17日 23:43转发|评论

采用ligandscout基于结构的策略生成蛋白蛋白相互作用药效团模型、虚拟筛选发现首个HIV-1整合酶(Integrase,IN)与它的细胞因子LEDGF/75之间的蛋白-蛋白相互作用(protein–protein interactions,PPI)抑制剂。 ​

9月14日 22:00转发|评论

邀请您参加9月13日上午广州《基于配体的药物设计》讲座,免费! http://t.cn/RNDQrwI ​

9月5日 22:42转发|评论

中国化学会第十届全国化学生物学学术会议将于9月23-26在武汉隆重开幕,我们在会场等待您的光临为您奉上我们的药物设计方案 http://t.cn/RNCr2yC ​

9月2日 20:53转发|评论

中国药物化学学术会议是我国药物化学研究领域的最高科学盛会,广州市墨灵格信息科技有限公司是一家提供分子模拟与药物设计解决方案的供应商,我们将参加本次会展,为各位老师、同学介绍、展示我们的产品与技术。http://t.cn/RC5mYhd ​

8月20日 00:57转发|评论

中国药物化学学术会议是我国药物化学研究领域的最高科学盛会,广州市墨灵格信息科技有限公司是一家提供分子模拟与药物设计解决方案的供应商,我们将参加本次会展,为各位老师、同学介绍、展示我们的产品与技术。http://t.cn/RC5mYhd ​

8月20日 00:56转发|评论

2017年中国药物化学学术会议将于8月27日-30日在北京国家会议中心隆重举行。中国药物化学学术会议是我国药物化学研究领域的最高科学盛会,本次会议主题为“致力全球新药研究与开发——聚焦新分子、新技术、新疗法”。广州市墨灵格信息科技有限公司是一家提供分子模拟与药物设计解决方案的供应商,我们将 ​

8月20日 00:55转发|评论

knime是一款优秀的数据分析平台,本教程以常见的化合物物理性质计算为例,分享一个knime工作流:读入一个SDF格式化合物数据库,进行脱盐处理,计算性质(氢键受体、供体数量,油水分配系数,极性表面积,可选择键数量,分子量),性质过滤,输出结果到一个SDF格式文件。http://t.cn/RoOD2Aq ​

6月28日 01:03转发|评论

FieldTemplater是场药效团模型,以基于配体的方式预测活性构象。

肖高铿 :FieldTemplater是药物设计软件Forge里生成场药效团模型的模块,它以几个活性化合物为输入条件产生药效团模型(Template)、预测化合物的生物活性构象。本文介绍了FieldTemplater的计算原理,操作步骤,影响因素,结果分析,结果的挑选以及应用案例。 http://t.cn/Roou5Nz

6月25日 22:35转发|评论

分子对接软件Flare教程 | 3D-RISM预测水分子的位置与稳定:哪个水分子是紧密结合地、哪个水分子在能量上是不利,为结构-活性关系提供的重要信息,并可以帮您决定配体的原子应该如何摆放。用3D-RISM可以:理解蛋白的水能量学特征;设计新的配体、理解水分子相互作用;考虑稳定的水分子作用,让蛋白的相 ​

6月18日 17:43转发|评论

很多人认为OpenEye软件很难申请,本文教您如何获取OpenEye软件的试用: http://t.cn/RoA4t88 ​

6月18日 09:12转发|评论

如何对苗头化合物进行结构改造而提高生物活性?本文跟大家分享了一个提高生物活性的策略: 利用结构生物学揭示的结晶水分子提高化合物的活性。阅读原文: http://t.cn/RozYilc ​

6月17日 11:25转发|评论